% routine to get CTD data from a set of SEABIRD .cnv files

cru='oc339'
for   i=[1];
      if i<10;sta='00';elseif i>=10&i<100;sta='0';else;sta='';end;
      fid=fopen([cru,sta,num2str(i),'.cdn'],'r');
      str1='NMEA';
      mark=fgetl(fid);
      [mark1,rem]=strtok(mark);
      [mark2,rem]=strtok(rem);
      while strcmp(str1,mark2)~=1
         mark=fgetl(fid);
         [mark1,rem]=strtok(mark);
         [mark2,rem]=strtok(rem);
      end
      [Lat,rem]=strtok(rem);
      [equals,rem]=strtok(rem);
      [degrees,rem]=strtok(rem);
      [dec_min,rem]=strtok(rem);
      lat=str2num(degrees)+str2num(dec_min)/60;
      mark=fgetl(fid);
      mark=fgetl(fid);
      [mark1,rem]=strtok(mark);
      [mark2,rem]=strtok(rem);
      [Lon,rem]=strtok(rem);
      [equals,rem]=strtok(rem);
      [degrees,rem]=strtok(rem);
      [dec_min,rem]=strtok(rem);
      lon=str2num(degrees)+str2num(dec_min)/60;
      str1='*END*';
      mark=fgetl(fid);
      [mark1,rem]=strtok(mark);
      while strcmp(str1,mark1)~=1
         mark=fgetl(fid);
         [mark1,rem]=strtok(mark);
      end
    
      mark=fgetl(fid);
      mark=fgetl(fid);
    outfid=fopen('txtfile','w');
    while mark~=-1;
        if length(mark)>0;
           fprintf(outfid,'%s\n',mark);
        end;
        mark=fgetl(fid);        
        mark=fgetl(fid);
     end
     fclose(outfid);
 %    fclose(fid);
     
     load txtfile -ascii;
     d=txtfile;
     
     
     
%      plotyy(-1*d(1:maxd,1),d(1:maxd,3),-1*d(1:maxd,1),d(1:maxd,4))
%      title(['cast# ',num2str(i)]);
      
  end;